Entre 1993 e 2015, João Vaz gravou 12 CDs editados por: Movieplay; Philips; Capella; Portugaler; Música XXI; Juventude Musical Portuguesa; Althum; Aragón; RTP edições / Althum; MPMP; e IFO Classics.
Historic Organ São Vicente de Fora
João Vaz (organ)
IFO Classics (cd), 2015
Fr. José Marques e Silva
Responsórios de Sexta-Feira Santa
Capella Patriarchal, João Vaz (órgão e direcção)
MPMP, 2015
Os seis órgãos da Basílica de Mafra
João Vaz, Rui Paiva, António Esteireiro, António Duarte, Sérgio Silva, Isabel Albergaria (órgãos), Coro Sinfónico Lisboa Cantat, Jorge Alves (direcção)
RTP edições / Althum (dvd), 2012
El organista ‘portoges’
Livro de Órgão de Frei Roque da Conceição
João Vaz (órgão)
Institución Fernando el Católico – Órganos históricos en Aragón (cd), 2011
Fr. Fernando de Almeida
Responsórios de Quinta-Feira Santa, Missa Ferial
Capella Patriarchal, João Vaz (direcção)
Althum (cd), 2010
Dieterich Buxtehude, Johann Pachelbel
Órgão da Igreja de Nossa Senhora do Cabo, Linda-a-Velha
João Vaz (órgão)
Juventude Musical Portuguesa (cd), 2008
Portugal & Italia
Órgãos das Igrejas da Misericórdia e de Santiago de Tavira
João Vaz (órgão)
Música XXI (cd), 2008
Carlos Seixas
Musica Sacra
Jennifer Smith, Nicki Kennedy (sopranos)
Nicolas Domingues (alto), Mário Alves (tenor)
António Wagner Diniz (baixo)
Segréis de Lisboa
Coral Lisboa Cantat
Manuel Morais (direcção)
João Vaz (órgão)
Portugaler 2010-2 (cd) 2003
António Carreira
Tentos e Fantasias
João Vaz (órgão)
Portugaler 2004-2 (cd) 2002
Pastorale
O órgão do Convento de Santa Clara, Funchal
João Vaz (órgão)
Ana Ferraz (soprano)
Ricardo Lopes (oboé barroco)
Capella 1001-2 (cd) 2001
Música Sacra
O Órgão da Sé Catedral do Funchal
João Vaz (órgão)
Ana Ferraz (soprano)
Philips 538159-2 (cd) 1998
Fundo Musical da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa
João Vaz (órgão)
Coro Cantus Firmus, Jorge Matta (direcção)
Coro Laus Deo, Idalete Giga (direcção)
Movieplay 3-11030 (cd) 1993